Zaměstnavatel je povinen vést u všech zaměstnancův pracovním poměru evidenci s vyznačením začátku a konce:
a) odpracované
1. směny,
2. práce přesčas,
3. noční práce,
4. doby v době pracovní pohotovosti,
b) pracovní pohotovosti, kterou zaměstnanec držel.
Podle ročních souhrnných zpráv Státního úřadu inspekce práce je jedním z nejčastějších problémů skutečnost, že v praxi se stále mnohde vede pouhá evidence docházky, kde z dokladu nejsou zřejmé začátky a konce jednotlivých součástí pracovní doby. Zatímco evidence docházky do zaměstnání představuje jen jednoduchou personalistickou pomůcku, z níž lze zjistit pouze základní informaci o tom, zda v daný den zaměstnanec pracoval či nikoli, skutečná evidence ve smyslu zákoníku práce je základním předpokladem pro plnění povinností zaměstnavatele na úseku odměňování. Nevedení začátku a konce jednotlivých úseků pracovní doby znemožňuje prokázání skutečné délky směny, možnou práci přesčas, dodržování nepřetržitého odpočinku mezi směnami a jiné. Není pak možné ani ověřit, zda byly zaměstnanci správně zaplaceny jednotlivé příplatky (za přesčas, za práci v noci aj.).
Způsob evidence pracovní doby a důsledky
V praxi se často tápe v tom, jakým způsobem pracovní dobu správně evidovat. Zákon totiž ponechává zcela na rozhodnutí zaměstnavatele, jaký konkrétní způsob evidence pracovní doby zvolí. Je proto možné postupovat postaru a zvolit si například klasické formulářové knihy evidence pracovní doby v listinné podobě, nebo je možné dát přednost moderním řešením v podobě elektronické evidence a digitálních technologií, vstupních terminálů, čipových karet, šifrovaných čteček otisků prstů apod.
Soudní praxe dovodila, že záleží pouze na zaměstnavateli, jemuž je povinnost vést evidenci pracovní doby uložena, jaký způsob evidence zvolí tak, aby byl průkazný a vypovídal o tom, zda zaměstnanec odpracoval či neodpracoval stanovenou (nebo dohodnutou) pracovní dobu, kdy ji odpracoval, v jakém rozsahu, případně o dalších skutečnostech, které jsou významné pro posuzování nároků s odpracováním pracovní doby souvisejících.
Klíčovým požadavkem na způsob evidence pracovní doby je tedy jeho průkaznost. Požadavku na průkaznost neodporuje, pokud je evidence vedena pouze v elektronické podobě, nicméně příslušné údaje z elektronické evidence musí být způsobilé ke zpřístupnění zaměstnanci, zpravidla formou možnosti vytištění, a to i zpětně. S požadavkem na průkaznost evidence úzce souvisí i požadavek na její soulad se skutečností, který lze v případě vedení evidence v listinné podobě nejsnáze zajistit tím, že po skončení příslušného období (zpravidla kalendářního měsíce) zaměstnanec svým podpisem záznamu o evidenci pracovní doby potvrdí, že s předloženým dokladem souhlasí (počet a struktura odpracované pracovní doby odpovídá skutečnosti). V případě vedení evidence pracovní doby v elektronické podobě potřeba potvrzení záznamu podpisem zaměstnance odpadá za předpokladu, že příslušné výstupy jsou zpracovávány automatizovaně bez možnosti zaměstnavatele do nich zasahovat a evidenci dodatečně upravovat.
Tím, že zákon zaměstnavatelům neurčuje konkrétní způsob vedení evidence pracovní doby, není ani zakázáno, aby si pracovní dobu v dohodě se zaměstnavatelem evidoval sám zaměstnanec. Také Nejvyšší soud v minulosti dospěl k závěru, že ke splnění povinnosti zaměstnavatele na úseku evidence pracovní doby je nezbytná i určitá součinnost ze strany zaměstnance, jejímž prostřednictvím zaměstnavatel získává podklady pro vedení evidence pracovní doby. Zaměstnavatel tak může oprávněně požadovat po zaměstnancích, aby mu takovou součinnost poskytli, a to například i formou telefonického nahlášení dispečinku zaměstnavatele o tom, že se zaměstnanec dostavil na pracoviště a začíná konat práci nebo například tím, že se zaměstnanec přihlásí do příslušné aplikace prostřednictvím mobilního telefonu, tabletu apod., případně že si se souhlasem zaměstnavatele sám povede evidenci pracovní doby v listinné podobě nebo formou tabulky ve svém počítači.
Soudní praxe dále dovodila, že pokud si zaměstnanec vyhotovuje evidenci pracovní doby sám a zaměstnavatel údaje zapsané v evidenci pracovní doby pořízené zaměstnancem nekontroluje, pak evidencí pracovní doby předloženou zaměstnancem lze mít tvrzení zaměstnance o odpracované pracovní době za prokázané, ledaže by zaměstnavatel prokázal, že příslušná evidence odpracované pracovní doby neodpovídá skutečnosti.
Konečně, soudní praxe v minulosti dovodila, že pokud zaměstnavatel evidenci pracovní doby nevede, nebo ji vede nedostatečně, může to pro něj mít nepříznivé důsledky. Pokud by například v řízení před soudem byla prokázána práce přesčas, nikoli však její přesný rozsah (proto, že zaměstnavatel pracovní dobu řádně neevidoval), může soud určit výši nároku zaměstnance na mzdu (plat) za práci přesčas podle své úvahy, a to na základě § 136 občanského soudního řádu. Určení výše nároku ovšem není záležitostí volné úvahy soudu nepodléhající hodnocení, ale základem takové úvahy je zjištění konkrétních skutečností vycházejících z okolností případu (například kolik hodin průměrně v jednotlivých měsících byla práce přesčas konána).
Sankce
Nedodržování povinnosti zaměstnavatele vést evidenci pracovní doby (v těch parametrech, jak ji stanoví § 96 zákoníku práce, viz výše) představuje přestupek na úseku pracovní doby, za nějž mohou orgány inspekce práce uložit pokutu až do výše 400 000 Kč (§ 28 odst. 1 písm. l), resp. § 15 odst. 1 písm. l) zákona č. 251/2005 Sb., o inspekci práce, ve znění pozdějších předpisů).
Doba uchování záznamů o evidenci pracovní doby
Z důvodů ochrany zaměstnance ve vztahu k odpracované pracovní době a její evidenci stanoví § 96 odst. 2 zákoníku práce, že na žádost zaměstnance je zaměstnavatel povinen umožnit zaměstnanci nahlédnout do jeho účtu pracovní doby nebo evidence pracovní doby a do jeho účtu mzdy, jakož i pořizovat si z nich výpisy, popřípadě stejnopisy, a to na náklady zaměstnavatele. Ačkoli se dikce § 96 odst. 2 zákoníku práce váže výslovně jen k „zaměstnancům“, je z povahy věci zřejmé, že je v zájmu zaměstnavatele uschovat doklady o evidenci pracovní doby ještě nějakou dobu po skončení pracovněprávního vztahu s dotyčným zaměstnancem.
Obecně je třeba dovodit, že záznamy o evidenci pracovní doby (včetně záznamů vedených v elektronické podobě) představují v principu dokumenty, které mohou sloužit k ochraně práv zaměstnavatele (jako důkazní prostředek) v případě soudního sporu nebo kontroly ze strany kontrolních orgánů. Vzhledem ke skutečnosti, že obecná promlčecí lhůta je 3 roky (§ 629 odst. 1 občanského zákoníku) považuje se za oprávněné, aby zaměstnavatel archivoval (ať již v listinné nebo elektronické podobě) záznamy o evidenci pracovní doby po dobu 4 let následujících po období, kterého se týkají.